保存書庫は設定画面からの削除ができません。
削除されたい場合は、お手数ですがサポートセンターまでお問い合わせください。
(/var/lib/mailman/archives/privateのディレクトリ以下にMLごとに保存書庫のファイルがあります）

また保存書庫については、残すか、残さないかの設定しか出来ず、何日分残すなどの細かい設定もできません。
削除する場合もすべて削除になります。