CGIファイルが正しく動作しない原因は様々ですが、いくつか問い合わせの多いものを記述します。
CGIファイルのディレクトリとファイルのパーミッションが755になっていない。
改行コードが「LF」になっていない。（Windowsなどで使用されていなものは「CR+LF」になっていることがあります）