CloudFrontではコンテンツのキャッシュ時に、デフォルトではCookie を考慮しません（キャッシュされません）。ただ、設定によってはリクエストのCookieも一致したときのみキャッシュを返す設定など様々な設定が可能です。
ご要望に応じてご相談いただければと思います。